中華慈善總會金六福九九愛心基金實施的項目有：

助學。主要針對偏遠地區的貧困學校，幫助學校改進硬件設施，為學生的生活、學習創造一個良好的環境。如：資助湖南城步苗族自治縣南山鎮中心小學翻修宿舍樓、資助河伯鄉石塘學校完成校舍及圍墻改造、為河北贊皇縣4所小學購置文化用品、電腦及打印機、支持湖南省漣源市安平鎮中心學校開展學校操場改建及捐助體育設施等。

扶貧。主要針對貧困個體，根據實際情況給予不同程度的資金支持。如：為邵陽市雙清區高崇山中學一患病教師捐款10萬元，緩解老師因病造成的經濟負擔；為吉林2名貧困低保家庭各捐款5萬元捐款，緩解家庭經濟困難等。

救災。在地區性災害或者重大災難發生后，第一時間給予積極響應，捐款捐物，救援災區。如：捐款救助青海玉樹地震災區、甘肅舟曲泥石流災區、蘆山地震災區的災民等。